В старину вместо Волковки и Монастырки с Пулковских высот к Неве текла одна река — Сетуй. Это название упоминается в средневековых новгородских летописях. К XVIII веке оно было забыто и реку стали именовать Черной. В 1805—1833 годах при строительстве Обводного канала река была поделена на два протока. Верховья бывшей Черной реки, протекающие по нынешнему Фрунзенскому району и впадающие в Обводный канал, стали называть Волковкой по находившейся тогда на реке деревне Волково. До основания Петербурга на месте деревни Волково располагалась финская деревня Антола. Первоначально длина реки была 17 км, но в 1972—1973 годах в связи с застройкой микрорайона Купчино большую часть русла реки засыпали. Вдоль Белградской улицы прорыли прямой Волковский канал от железнодорожной станции Купчино до улицы Салова.
В XVIII—XIX веках берега реки были в основном естественными и только на некоторых участках укреплены деревом. В 1968— 1972 годах в районе Волковского проспекта и Волковского кладбища по проекту инженера Л.Н. Соболева возвели железобетонные набережные высотой от 3 до 6 м, декорированные рустом, с металлическими ограждениями между гранитными тумбами. В районе Мгинской улицы берега укреплены низкими банкетами, также с рустовкой. По обоим берегам Волковки располагаются лютеранская и православная части Волковского кладбища.