Знаменская церковь, пожалуй, самая известная, безвозвратно исчезнувшая, на месте которой ныне стоит станция метро «Площадь Восстания». Исчезла не только церковь, но и целый квартал, названный ее именем – Знаменская площадь, Знаменская улица и Знаменский мост, перекинутый через тогда еще Лиговский канал. После уничтожения храма площадь и улица были переименованы и сегодня носят имя Восстания.
Впервые Знаменская церковь была выстроена в дереве в 1765-1768 годах и именовалась полным именем во имя Входа Господня в Иерусалим, а «Знаменской» ее прозвали в народе по приделу, освященному в честь иконы Знамения Пресвятой Богородицы. В камне церковь перестраивали в 1794-1804 годах.
Закрытие Знаменской церкви произошло в 1937 году, разобрали ее четырьмя годами позже – в начале войны, а уже в 1955 году на ее месте был открыт вестибюль станции метро «Площадь Восстания».
Церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы (Церковь Спаса на Сенной площади) появилась в 1753 году. Для этого готовую деревянную церковь Спаса Происхождения Честных Древ перенесли туда с Выборгской стороны. Каменная церковь была заложена в том же году, но ее строительство затянулось из-за изменения мнения архитекторов по поводу решения сводов, и только в 1761 году был освящен первый левый придел. Под ним был установлен склеп, в котором покоились останки родителей Саввы Яковлевича Яковлева, предпринимателя и мецената, на чьи деньги возводилась церковь. Правый придел, открытый в 1764 году, получил имя самого «спонсора» – и одновременно имя преподобного Саввы. Главный придел был освящен в 1765 году.
В 1938 году собор был закрыт, а все ценности изъяты из него еще в 1920-х годах. Для освобождения площадки под строительство метро Спас на Сенной взорвали в 1961 году; в результате взрыва было повреждено несколько зданий, в том числе сваи Исаакиевского собора.
Вестибюль «Площадь Мира» (ныне метро «Сенная площадь») был открыт в 1963 году, а свое нынешнее имя он, а вместе с ним и площадь получили в 1992 году.
О восстановлении церкви говорили с 1970-х годов, но реальные действия начали предприниматься только в XXI веке. Часовню в память о взорванном соборе построили в 2003 году, восстановление самого храма началось в 2011 году; сегодня продолжаются раскопки старого фундамента.
Церковь Косьмы и Дамиана лейб-гвардии cаперного батальона была построена на углу Знаменской и Кирочной улиц (на месте нынешней станции метро «Чернышевская») в 1879 году архитектором Максимилианом Месмахером вместо существовавшей на этом месте прежде деревянной домовой церкви (деревянная церковь была выстроена еще в 1760 году). В 1899 году напротив церкви состоялось торжественное открытие памятника «Подвигам лейб-гвардии Саперного батальона»: двуглавый бронзовый орел с короной, державой и скипетром, парящий над необработанной глыбой гранита. Необычным элементом жизни церкви было то, что она была одновременно и храмом и площадкой для военных учений. Для них была создана специальная перегородка, закрывавшая алтарь и иконостас на время этих учений.
Церковь Косьмы и Дамиана была закрыта в 1933 году, а снесена частично в 1936 году в связи со строительством школы, частично – в 1950-х годах в ходе строительства станции метро «Чернышевская».
Церковь Сошествия Святого Духа в Щемиловке (расположенная недалеко от станции метро «Ломоносовская») в народе известна как Фарфоровская церковь – она была построена в Фарфоровской слободе Петербурга. Здание было построено в неорусском стиле, его закладка состоялась в 1902 году в присутствии отца Иоанна Кронштадтского. Открытие состоялось в 1912 году, церковь сразу оправдала свое народное название – внутри был установлен иконостас из фарфора, изготовленный на Императорском Фарфоровом заводе.
Церковь была закрыта в 1939 году и долгое время использовалась в промышленно-хозяйственных нуждах: в качестве картофелехранилища во время войны, затем – в виде литейного цеха. В 1966 году здание было снесено, представляя, якобы, неудобства для метростроевцев.
О воссоздании церкви заговорили в 2009 году, проект был разработан в 2012 году. В том же году Императорский Фарфоровый завод приступил к изготовлению убранства еще непостроенной церкви – предполагается, что исторический облик будет возвращен зданию, а с ним и интерьеры.
Есть, наравне с церквями и храмами, взорванными и разобранными для прокладки путей метро и постройки вестибюлей, и те, которые были разрушены по иным причинам, но на местах которых также ныне раскинулись новые станции метрополитена. Самый яркий пример тому — Часовня Христа Спасителя на Перинной линии: здание в «русском стиле» было выстроено в 1861 году, а уничтожено в 1929 году, поскольку было признано «уродливым». Вестибюль станции метро «Невский проспект» появился там только в 1963 году.
Есть также обратный пример того, как под предлогом транспортных неудобств также была снесена еще одна церковь. Это Церковь во имя Благовещения Пресвятой Богородицы на Благовещенской площади (нынешней площади Труда). Удивительной красоты храм был построен в середине XIX века по проекту архитектора К.А. Тона в русско-византийском стиле, а закрыт и снесен в 1929 году. Причиной сноса назвали то, что церковь «стесняла трамвайное движение». При этом не исключено, что метро на месте церкви все-таки появится: открытие станции «Театральная» вблизи площади Труда обещают провести в ближайшие годы.