Аптекарский остров отделяется от Петроградского острова узкой рекой Карповкой. Финское название острова было Корписаари, что означало, видимо, Лесистый. Из островов, расположенных в северной части дельты Невы, лишь Аптекарский не находился во владении частных лиц. Петр I оставил остров в собственности государства, предназначив его для размещения “аптекарского огорода”. Указом 1714 года здесь разрешалось селиться только аптекарским служителям.
На аптекарском, или, как его еще называли, медицинском, огороде выращивали лекарственные растения, которые после сушки и обработки отправлялись в аптеки. Аптекарский огород вскоре превратился в благоустроенный сад, о котором уже в 30-х годах XVIII века отзывались как о “саде превеликом”. На базе аптекарского огорода и городка Медицинского департамента возникли получившие мировую известность Ботанический сад и Ботанический институт РАН. В 1940 году Ботаническому институту было присвоено имя выдающегося советского ученого В.Л.Комарова, бывшего президентом Академии наук СССР в 1936-1945 годах. От аптекарского огорода и произошло название острова, которое сохраняется за ним вот уже почти триста лет. С этим связано также возникновение наименований находящихся здесь Аптекарского проспекта и Аптекарской набережной.