Храм был возведен на Якорной площади в 1913 году. Место было выбрано не случайно. Крест и купол собора — первое, что могут заметить моряки, подплывая к Кронштадту. Постройка Никольского собора началась с одобрения самого Иоанна Кронштадтского и адмирала Макарова.
В 1929 году храм закрыли, однако сносить не стали — за время существования СССР здесь был и кинотеатр, и концертный зал, и военно-морской музей. Внутри храма можно обнаружить таблички с именами погибших моряков — все дело в том, что Никольский собор задуман как памятник всем, кто нашел свою смерть в море. В 2002 году на колокольне храма снова был установлен православный крест и начались реставрационные работы, которые завершились только 28 мая этого года. Сегодня все желающие могут снова посетить храм и насладиться его красотой и величием.