На Флажной башне Нарышкина бастиона поднят флаг, который хорошо виден с противоположного берега Невы. По старой традиции на флагштоках морских крепостей поднимается Крепостной флаг (флаг морских крепостей). В России рисунок крепостного флага идентичен гюйсу (на красном фоне белый вертикальный крест, на которое наложен голубой диагональный крест, окантованный белой полосой).
Гюйс — это носовой флаг военного корабля. Русское название «гюйс» происходит от нидерл. geus — названия, введённого повстанцами-гёзами для носовых флагов своих кораблей в период Нидерландской революции (1566—1609). Именно так прочитал Петр Великий это голландское слово (переводится как «нищий» — такое прозвище дали правящие представители Испании бедным фламандским дворянам, требовавшим равноправия с ними). Гюйс, поднятый на корабле, обозначает, что корабль принадлежит к 1 или 2 рангу. Гюйс поднимается на гюйс-штоке во время стоянки корабля на якоре (бочке, швартовах). Гюйс поднимается и спускается одновременно с подъемом и спуском Военно-морского флага. В Военно-Морском флоте Российской Федерации поднимается ежедневно на носу (на баке) кораблей (в том числе, и на подводных лодках), одновременно с кормовым флагом, обычно, с 8 часов утра и до захода солнца.
В военно-морском обиходе слово «гюйс» относится и к большому синему воротнику на форменной матросской верхней рубахе. История появления гюйса довольно прозаична. В средние века в Европе мужчины носили длинные волосы или парики, матросы заплетали волосы в хвостики и косички. Для защиты от вшей волосы смазывали дёгтем. Чтобы дёготь не испачкал одежду, матросы прикрывали плечи и спину защитным кожаным воротником-гюйсом, который можно было легко протереть от грязи. Со временем кожаный воротник сменили на матерчатый. Длинные причёски ушли в прошлое, а традиция носить воротник осталась. Кроме того, после отмены париков квадратный матерчатый воротник использовался для утепления — в холодную ветреную погоду он заправлялся под одежду.