Первой могилой в церкви Апостолов Петра и Павла стала могила полуторагодовалой дочери Петра I Екатерина, скончавшейся в 1708 году. Это захоронение было произведено ещё в первоначальной деревянной церкви на месте нынешнего собора. Очень много легенд существует о памятнике Петру I, но вот о его похоронах почти никто не пишет. Когда Петр умер в 1725 году его тело три недели лежало на постели и ежедневно всем людям был открыт доступ к покойному Императору. В итоге труп позеленел и сильно смердил. Тогда было решено его забальзамировать, переложить во гроб и выставить в зале до Пасхи. А через три недели после смерти Петра, 22 февраля, умерла младшая из его дочерей – шестилетняя Наталья (умерла от кори), и в Зимнем дворце стало еще одним гробом больше. До Пасхи не дотянули, труп стремительно разлагался и на сороковой день было принято решение похоронить, а по России объявить годовой траур.
Туда, по льду Невы, из здания Зимнего Дворца 10 марта 1725 года, с подобающей пышной церемонией, перенесли тела Петра Первого и его дочери Натальи, скончавшейся 4 марта от кори и, здесь была захоронена его дочь. Но, оба гроба были установлены на катафалке под балдахином, обитом золотой тканью. В 1727 году там же поставили и гроб с телом его жены, императрицы Екатерины Первой. Однако не захороненными тела оставались более 6 лет и только в мае 1731 года императрица Анна Иоанновна повелела предать земле прах Петра Первого и его супруги в одну могилу ( надгробия два). Погребение, по словам «Ведомостей» того времени, происходило с особенно учрежденной церемонией 29 мая в субботу, в одиннадцатом часу утра. Точная дата предания земле праха его дочери неизвестна.