С 1828 года участок набережной от реки Карповки до того места, где сейчас расположена улица Академика Павлова, обозначался как Аптекарский проспект. Официальное название набережной было присвоено в 1887 году. Тогда она оканчивалась там, где сейчас начинается Аптекарский проспект. Долгое время берега Аптекарского острова лишь на отдельных участках были укреплены деревом. Только в 1979 году по проекту инженеров Б.Б. Левина, Б Н. Брудно и архитекторов Л.А. Носкова, Л.В. Говорковского, В.М. Иванова вдоль набережной была сооружена высокая бетонная стенка, облицованная гранитными плитами с лестничными спусками из того же материала. В 1982 году набережная была продлена до проспекта Медиков и Кантемировского моста. В 2002 году был открыт участок набережной протяженностью 700 м от Кантемировского моста в сторону Лопухинского сада. В концепцию развития городского движения входит соединение Аптекарской и Песочной набережных в районе Каменноостровского моста.
Длина современного участка набережной около 2,6 км.