Начало строительства канала относится к 1717-1720 годам. Свое название Крюков канал получил по имени подрядчика Семена Крюкова, руководившего строительством.
В 1782—1787 годах берега набережной были укреплены деревом (за исключением каменных участков у мостов). Этот участок до 1828 года называли Никольским каналом в честь Николо-Богоявленского Морского собора, расположенного у пересечения с каналом Грибоедова. Набережную также именовали Никольской.
Жилые здания начали появляться на берегах канала в конце XVIII века, а в 1801—1807 годах под руководством инженера И. К. Герарда и мастера-каменотеса С. К. Суханова были сооружены гранитные набережные на участке между Мойкой и Фонтанкой со съездами к воде и чугунными решетками.
»
В 1847-ом году при строительстве Благовещенского моста участок от Невы до Адмиралтейского канала был заключен в трубу и засыпан. В те же годы появилось официальное название набережной — набережная Крюкова канала.
На берегу Крюкова канала стоял Литовский замок (архитектор Джовани Кваренги), где размещались казармы Литовского полка. В 1917 году замок сгорел. Сейчас здесь расположен Государственный академический Мариинский театр. Набережные канала являются памятником архитектуры.
Через Крюков канал переброшено шесть мостов: Смежный, Старо-Никольский, Кашин, Торговый, Декабристов и Матвеев.
Длина канала около 1 км, ширина до 20 м, глубина до 2 м.